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在医学领域，扫描电镜测试可用于观察组织和器官的微观结构和形貌，了解疾病的发病机制和病理变化过程。例如，在癌症研究中，扫描电镜测试可以用于观察肿瘤细胞的形态和结构，评估肿瘤的恶性程度和预后。
扫描电镜主要应用于对样品微区形貌，结构与组成进行观察与分析。它以分辨率高，景深好和操作简单而被广泛应用与材料学，物理学，化学，生物学，考古学，地矿学和微电子工业
扫描电镜能分析矿物表面形貌，组织和组成。通过扫描电镜（SEM）观测矿物微区变化能为矿物成岩环境与历史演化分析提供证据；能观测粘士矿物形态，分布，性质与共生组合等特征，为粘土矿物成因与地球化学背景分析奠定基础；能分析储集岩矿物组成，结构构造，孔隙类型与成因等特征，并为储层优劣评价提供参考。
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